Усиление самодержавных принципов власти государей проявлялось не только в сугубо политической сфере
Не менее показательным было все большее сужение прав и полномочий церкви в государстве, особенно в области суда и управления. Начиная с Соборного Уложения, преступления против религии и церкви рассматривались в системе светского законодательства (глава I) и разбирались в государственных учреждениях, даже если обвиняемыми были духовные лица.
В полной мере административно-судебные полномочия, независимые от государственных учреждений, сохранил только патриарх. Все остальные церковные и монастырские земли по Соборному Уложению были переданы в ведение и управление созданного в 1649 г. Монастырского приказа. Приказ также был наделен правом суда над духовными людьми. Население церковных вотчин стало подведомственно суду соответствующих государственных учреждений — приказов и городовых воевод.
Правда, такое резкое ограничение судебных прав церкви вызвало противодействие высшего духовенства, и после церковного собора 1667 г., решения которого были утверждены царем, подведомственность духовенства светскому суду по гражданским и общеуголовным делам была признана недопустимой. Однако все прочее население церковных земель и владений духовных лиц осталось вне компетенции церковного суда и финансово-административного влияния церкви.
В Уложении было подтверждено незадолго до того изданное положение о запрещении церкви и духовенству приобретать новые земли. В течение нескольких лет были конфискованы значительные земельные владения церкви, признанные незаконно приобретенными. В связи с ликвидацией и отпиской на государя «белых слобод» многие церковные слободы и владения в городах также подверглись конфискации. Причем свыше 60% всех городских дворов, взятых в казну, являлись ранее собственностью церкви и духовенства.
